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SSH Matlab Julia Sagemath

Zur Zeit lassen sich folgende Programme per SSH auf dem Server der Mathematik nutzen:

  • Matlab

  • Julia

  • Sagemath

Weiter Programme werden folgen.

 

Bei allem Folgendem gilt: Ihr arbeitet vermutlich nicht alleine auf diesem Rechner. Darum bitten wir euch, die Rechenlast gering zu halten !!!

Weiterhin beachtet bitte, dass einmal in den Morgenstunden pauschal alle SSH-Verbindungen terminiert werden.

 

ACHTUNG: Fuer die Nutzung des Servers ist zwingen eine funktionierender Cip-Pool-Account nötig !!! (Einen Cip-Pool-Account bekommen nur Mathematik Stundenten.)

 

Externe Nutzung von Matlab

Erste Schritte

Da die Studierenden aufgrund der momentanen Umstände keinen Zutritt zu den CIP-Pools haben, gibt es die Möglichkeit, Matlab extern zu nutzen. Dazu geht man vor wie folgt:

1. VPN-Verbindung mit dem Uninetzwerk herstellen.
Ausführliche Anleitung vom RRZE findet man unter https://www.anleitungen.rrze.fau.de/internet-zugang/vpn/.

2. Per SSH am Server des CIP anmelden.
Dazu, wenn noch nicht vorhanden, SSH-Client installieren. Für Windows: PuTTY (https://putty.org/)
Verbindung mit folgenden Informationen herstellen:
Host-Adresse: 131.188.54.22
Benutzername: IDM-Kennung (z.B. ab01cdef)
Passwort: CIP-Passwort (Standardmäßig identisch mit IDM Kennwort)

Eine genaue Anleitung zum Nutzen der SSH-Verbindung gibt es hier. Jetzt ist man mit dem Server des CIP verbunden und in einem Terminalfenster im eigenen Home-Verzeichnis.

3. Optional: Texteditor nano „MATLAB-freundlich“ einrichten
Dazu lädt/kopiert man sich die Konfigurationsdatei mit diesem Befehl in seine .nanorc

mkdir -p  ~/.nano && wget -O ~/.nano/octave.nanorc https://www.math.fau.de/download/colorcodes --no-check-certificate&& echo "include ~/.nano/octave.nanorc" >> ~/.nanorc

4. MATLAB starten
Mit folgendem Befehl kann man dann MATLAB ohne grafische Oberflaeche und mit nano als Texteditor starten:

matlab -nodisplay -r "setenv('EDITOR','nano')"

ggf.: Nano nochmal setzten: setenv(‚EDITOR‘,’nano‘)

Nach Ausführen des Befehls ist man in der MATLAB-Konsole. Zunächst sollte man für die Benutzung von Skript-Dateien, wie in der Desktop-Version auch, den aktuellen Pfad setzen, relativ zu welchem alle eingegebenen Dateinamen interpretiert werden. Mit pwd bekommt man den aktuellen Pfad angezeigt und durch cd kann man ihn verändern.

Skript ausfuehren

MATLAB zunächst wie oben beschrieben starten. Es sollte so etwas in der Art kommen:

MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.

                            < M A T L A B (R) >
                  Copyright 1984-2019 The MathWorks, Inc.
                  R2019a (9.6.0.1072779) 64-bit (glnxa64)
                               March 8, 2019

 
To get started, type doc.
For product information, visit www.mathworks.com.
 

	Classroom License -- for classroom instructional use only.
>>

Nun kann man Matlabskripte ganz normal laufen lassen, indem man

>> run NameDerDatei.m 

eingibt. Wichtig hierbei ist, dass man Matlab im Ordner der Datei gestartet hat.

Um Skripte zu bearbeiten, beachte die obigen Erläuterungen unter Erste Schritte. Dann können Skripte mit

>>edit NameDerDatei.m

bearbeitet werden.

Das Plotten ist ohne graphische Oberfläche ein bisschen umständlicher als sonst. Man kann wie gewohnt den plot-Befehl ausführen und dieser verhält sich auch im Hintergrund wie ein gewöhnlicher plot-Aufruf, es wird nur nichts angezeigt. Deswegen speichert man zunächst mit

print('meinDateiNameOhneEndung','-dsvg')

die aktuelle figure als svg-Datei in das momentane Verzeichnis ab. Andere Dateiendungen wie ‚-dpng‘ sind auch möglich. Für weitere Erklärungen und feinere Kontrolle siehe die print-Dokumentation von MATLAB (https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/print.html). Anschließend kann man sich diese Datei auf seinen heimischen Rechner zum Betrachten kopieren. PuTTY stellt dafür das Tool pscp zur Verfügung. https://the.earth.li/~sgtatham/putty/0.73/htmldoc/Chapter5.html#pscp , auf Linux kann man scp verwenden. Der Pfad auf dem Server ist dabei meist von der Form

ab12cdef@131.188.54.22:/home/stud/ab12cdef/OftHierZwischenordner/meineDateiOhneEndung.svg

Man verlässt MATLAB mit dem exit-Befehl.

Dateien aus dem CIP auf den eigenen Rechner kopieren

Man geht davon aus, dass die m-files auf dem privaten Computer sind. Für folgende Anleitung muss man ’scp‘ nutzen können. Auf Mac und Linux ist dieses im Betriebssystem integriert.

(Windows) Unter Windows kann das Programm WinSCP verwendet werden. Um sich anzumelden, muss zuerst als Übertragungsprotokoll scp auswählen, zweitens in der Serveradresse „131.188.54.22“ eingeben (ohne “ „) und drittens kann als Port Port 22 benutzt werden. Der Benutzernahme ist die IdM-Kennung (ab01cdef) und das Passwort euer IdM-Passwort.

Nach Aufsetzen des Programmes kann man Dateien mittels Drag and Drop zwischen seinem Computer und dem Server bewegen

(Mac/Linux) Man kann die eigenen Dateien auf seinen Rechner bewegen, indem man

scp /Ordner/Filename ab01cdef@131.188.54.22:~/Ordner

eingibt. Bitte beachtet dabei, dass die Pfade absolut sein müssen.

MATLAB im CIP von der Shell Starten

Um MATLAB von der Shell zu starten empfiehlt sich der folgende Befehl:

matlab -nojvm  -nodisplay -r

Die Optionen zum Befehl machen folgendes (zusammen mit einigen anderen nützlichen Optionen):

Option Resultat
-nojvm Startet MATLAB ohne die Java® Virtual Machine (JVM™) Software. Dies reduziert die Startzeit und die RAM last.
-nodisplay Startet die JVM Software ohne den MATLAB Desktop.
-logfile filename Schreibt die komplette Ausgabe auch in das File filename. (auch die Fehler Berichte)
-r Verwende diese Option für interaktives Arbeiteten.
-h Zeigt die Startoptionen an.

Um ein Skript auszuführen nutzen sie folgenden Befehl:

matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop -r "run('/path/to/file/example.m');exit;"

> nano’s shortcuts <

Externe Nutzung von Julia

Um Julia von der Shell zu starten empfiehlt sich der folgende Befehl:

julia

Eine Anleitung zur Nutzung von Julia:

Julia am Department Mathematik

 

Externe Nutzung von Sagemath

Um Sagemath von der Shell zu starten empfiehlt sich der folgende Befehl:

sagemath

Eine Anleitung zur Nutzung von Sagemath:

Sagemath am Department Mathematik